无论是司法保护，还是行政保护，在实践过程中，都为我国创新驱动发展战略提供了必要的产权保护支撑。发挥司法保护知识产权的主导作用，同时用程序保障和有效监督解决好行政保护中滥用权力的问题，恐怕是现阶段知识产权保护中特别需要强调的。
发挥司法保护知识产权的主导作用
关于知识产权保护模式，目前各国主要有两种类型：一是司法保护的“单轨制”模式，即法院通过对知识产权侵权案件的审理，判令侵权人承担停止侵害、赔偿损失等法律责任的保护模式；二是行政保护和司法保护并行运作的“双轨制”。在知识产权保护实践中，“单轨制”模式为世界很多国家采用，“双轨制”模式以中国为代表，形成行政和司法保护“两条途径、并行运作”的中国特色知识产权保护体制。
多年来，“双轨制”保护模式在一定程度上适应了我国知识产权发展的实际状况，为知识产权保护工作作出了显著贡献。但行政保护与司法保护相互作用、相互协调过程中出现的问题不断增多，进而导致这一制度本身所存在的弊端也日益凸显。笔者认为，这种弊端至少体现在以下三个方面：
一是保护标准多样化，缺乏统一。我国知识产权行政管理机关普遍享有对侵权行为的行政处罚权、对侵权纠纷的行政裁决权和行政调解权。因此，一旦知识产权受到侵害，当事人就可以同时启动行政保护的行政救济程序和民事侵权的司法救济程序。基于在认定侵权是否成立的标准上，行政机关和司法机关都有法定职权，所以在实践中就有可能导致知识产权保护“双轨制”的直接冲突，即人民法院和行政管理机关对同一知识产权案件可能作出完全相反的裁决。
二是保护机构重叠化，缺乏效率。在“双轨制”保护模式中，行政机关和司法机关都具有裁决知识产权纠纷的权力，这在一定程度上增加了纠纷解决成本。
三是保护程序独立化，缺乏衔接。我国现行的“双轨制”模式虽然对知识产权实行行政和司法的双重保护，但行政执法主体具有很强的独立性，在知识产权确权认定、侵权打击、纠纷解决方面具有专有权力，从而造成“知识产权的行政保护和司法保护的协作性却并不高”。（吴汉东）
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